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病原菌基因组BLAST注释实战

共计 30 章节

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病原菌基因组学导论

病原菌基因组特征 · 测序技术发展 · 注释的意义

病原菌基因组学导…病原菌基因组特征

BLAST算法原理

序列比对基础 · BLAST基本局部比对搜索算法 · E值

BLAST算法原理

BLAST变体与工具选择

BLASTN · BLASTP · BLASTX

本地BLAST环境搭建

操作系统选择 · NCBI BLAST+安装 · 环境变量配置

命令行BLAST实操

makeblastdb建库 · blastn查询 · 输出格式选项（-outfmt）

BLAST结果解析

默认格式 · Tabular格式 · XML格式

BLAST结果解析

数据库资源与构建

NCBI nt/nr数据库 · RefSeq · 自定义参考基因组数据库制作

数据库资源构建

使用BLAST进行耐药基因注释

CARD数据库简介 · RGI工具与BLAST结合

毒力因子预测与BLAST应用

VFDB数据库 · BLAST比对识别毒力基因

BLAST毒力因子预测

多序列比对与BLAST的互补

通过BLAST确定同源序列后使用Cl…

BLAST多序列比对

基于BLAST的病原菌物种鉴定

16S rRNA基因BLAST · 全基因组平均核苷酸一致性（ANI）

自定义数据库构建实战

下载特定病原菌基因组 · 格式化 · 索引加速

自定义数据库构建…下载特定病原菌基…

BLAST性能优化

线程数 · 任务划分 · 内存限制

BLAST性能优化

大规模BLAST分析

处理数千个基因组查询 · 使用blast+的-multi选项 · 批处理脚本

GNU Parallel · Slurm阵列作业 · HPC环境下BLAST加速

BLAST结果可视化

R语言ggplot2 · Python Matplotlib · 使用BRIG进行环状比较

BLAST结果可视化

整合BLAST到自动化注释流程

Snakemake或Nextflow…

Python调用BLAST

subprocess执行BLAST · 解析输出 · Bio.Blast模块

Biopython的BLAST模块

NCBIWWW在线查询 · qblast · 解析XML结果

在线BLAST API使用

NCBI E-utilities · blastx服务请求示例

BLAST比对质量控制

过滤低质量比对 · 阈值设置 · 假阳性处理

BLAST比对质量控制

基因家族注释中的BLAST

HMMER与BLAST结合 · 隐马尔可夫模型数据库构建

BLAST基因家族注释

专门数据库资源

CARD（耐药） · VFDB（毒力） · PLAZA（质粒）

专门数据库资源CARD

完整病原菌基因组注释管线

Prokka自动化注释 · BLAST辅助校正

完整病原菌基因组…Prokka

Prokka注释流程详解

安装 · 配置 · 运行

Prokka注释流程详解

功能注释整合

将BLAST结果映射到GO/KEGG… · 使用AmiGO · KEGG API

功能注释整合BLAST

比较基因组学中的BLAST应用

核心基因识别 · pan-genome分析 · 基因缺失/获得

BLAST比较基因组学

大规模病原菌基因组数据库查询

使用MMseqs2替代BLAST进行…

大规模病原菌基因…MMseqs2

多重耐药鲍曼不动杆菌基因组BLAST…

案例研究BLAST

课程总结与进阶方向

BLAST局限性 · 新一代比对工具 · 未来趋势

课程总结进阶方向