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从FASTQ到丰度表：Pipeline搭建全流程

共计 30 章节
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01
课程导论
FASTQ与丰度表概述
课程导论FASTQ
02
测序原理与FASTQ格式详解
测序原理与FASTQ格式详解 · 核心概念 · 实践要点
FASTQ测序原理
03
环境配置
Conda与Bioconda安装
环境配置Conda
04
FASTQ质量评估
FastQC入门
FASTQ质量评估
05
批量质量评估与MultiQC汇总
批量质量评估与MultiQC汇总 · 核心概念 · 实践要点
MultiQC批量质量评估
06
质量控制
Trimmomatic参数与实战
质量控制Trimmomatic
07
另一款质控工具
cutadapt去接头
另一款质控工具cutadapt
08
质控后质量再评估
质控后质量再评估 · 核心概念 · 实践要点
质控后质量再评估重点
09
比对软件概述
Bowtie2 · BWA · STAR选择
比对软件概述Bowtie2
10
Bowtie2索引构建与比对
Bowtie2索引构建与比对 · 核心概念 · 实践要点
Bowtie2索引构建
11
BWA比对实战
BWA比对实战 · 核心概念 · 实践要点
BWA比对实战
12
STAR比对（适用于RNA-seq）
STAR比对（适用于RNA-seq） · 核心概念 · 实践要点
STARRNA-seq
13
比对结果处理
SAMtools排序与索引
比对结果处理SAMtools
14
定量工具
featureCounts与HTSe…
定量工具featureCount…
15
Salmon快速定量简介
Salmon快速定量简介 · 核心概念 · 实践要点
Salmon快速定量简介
16
Kallisto伪比对定量
Kallisto伪比对定量 · 核心概念 · 实践要点
Kallisto伪比对定量
17
从原始计数到CPM/FPKM/TPM归一化
从原始计数到CPM/FPKM/TPM归一… · 核心概念 · 实践要点
CPM/FPKM/TPM从原始计数到
18
生成丰度表
整合多个样本
生成丰度表整合多个样本
19
Python基础
读写FASTQ文件
PythonFASTQ
20
Shell脚本基础
循环处理样本
Shell脚本基础
21
自动化流程
Snakemake入门
自动化流程Snakemake
22
Snakemake实现质控与比对流程
Snakemake实现质控与比对流程 · 核心概念 · 实践要点
Snakemake实现质控
23
Snakemake实现定量与合并
Snakemake实现定量与合并 · 核心概念 · 实践要点
Snakemake实现定量
24
流程参数化与配置文件
流程参数化与配置文件 · 核心概念 · 实践要点
流程参数化配置文件
25
流程优化
并行与资源管理
流程优化并行
26
流程测试与debug
流程测试与debug · 核心概念 · 实践要点
debug流程测试
27
结果可视化
热图 · PCA（用R或Python）
结果可视化热图
28
结果解读与生物学意义
结果解读与生物学意义 · 核心概念 · 实践要点
结果解读生物学意义
29
常见问题与避坑指南
常见问题与避坑指南 · 核心概念 · 实践要点
常见问题避坑指南
30
课程总结与进阶方向
课程总结与进阶方向 · 核心概念 · 实践要点
课程总结进阶方向