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人源基因组注释BLAST应用实践

共计 30 章节
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01
课程介绍
人源基因组注释与BLAST概述
课程介绍BLAST
02
基因组学基础
DNA · 基因 · 基因组结构
基因组学基础DNA
03
人源基因组参考序列与常用数据库
人源基因组参考序列与常用数据库 · 核心概念 · 实践要点
人源基因组参考序…常用数据库
04
BLAST基本原理
局部比对 · 评分矩阵与E值
BLAST基本原理
05
NCBI在线BLAST的使用与结果解读
NCBI在线BLAST的使用与结果解读 · 核心概念 · 实践要点
NCBIBLAST
06
本地BLAST的安装与配置（Linux/Windows）
本地BLAST的安装与配置（Linux/… · 核心概念 · 实践要点
BLASTLinux/Window…
07
BLAST命令行参数详解（blastn/blastp/tblastx等）
BLAST命令行参数详解（blastn/… · 核心概念 · 实践要点
BLASTblastn/blast…
08
BLAST输出格式解析
表格 · XML · ASN.1
BLAST输出格式解析
09
核酸与蛋白质序列比对的选择策略
核酸与蛋白质序列比对的选择策略 · 核心概念 · 实践要点
核酸蛋白质序列比对的…
10
BLAST结果的过滤、排序与统计显著性
BLAST结果的过滤、排序与统计显著性 · 核心概念 · 实践要点
BLAST结果的过滤
11
多序列比对工具（Clustal Omega、MAFFT）入门
多序列比对工具（Clustal Omeg… · 核心概念 · 实践要点
ClustalOmega
12
基因组注释总览
基因预测与功能注释流程
基因组注释总览基因预测
13
基因结构注释
外显子 · 内含子 · UTR预测
基因结构注释外显子
14
从头基因预测工具（Augustus、Genscan）实践
从头基因预测工具（Augustus · 核心概念 · 实践要点
AugustusGenscan
15
基于同源性的基因预测
BLASTx映射策略
基于同源性的基因…BLASTx
16
RNA-seq数据辅助基因注释
转录本组装与BLAST
RNA-seq数据辅助基因注释
17
使用BLAST验证转录组组装完整性
使用BLAST验证转录组组装完整性 · 核心概念 · 实践要点
BLAST使用
18
重复序列注释
RepeatMasker与BLAST…
重复序列注释RepeatMasker
19
非编码RNA注释（miRNA、lncRNA、rRNA）
非编码RNA注释（miRNA · 核心概念 · 实践要点
RNAmiRNA
20
启动子与调控元件的BLAST搜索
启动子与调控元件的BLAST搜索 · 核心概念 · 实践要点
BLAST启动子
21
变异注释基础
SNP · Indel的功能影响评估
变异注释基础SNP
22
BLAST在变异注释中的应用（SIFT、PolyPhen）
BLAST在变异注释中的应用（SIFT · 核心概念 · 实践要点
BLASTSIFT
23
基因组浏览器（IGV、UCSC）集成BLAST结果
基因组浏览器（IGV · 核心概念 · 实践要点
IGVUCSC
24
批量BLAST
并行化与Shell脚本自动化
BLAST批量
25
Python编程调用BLAST
BioPython实战
PythonBLAST
26
构建自定义BLAST数据库（makeblastdb）
构建自定义BLAST数据库（makebl… · 核心概念 · 实践要点
BLASTmakeblastdb
27
BLAST结果可视化
R/Bioconductor与Pyt…
BLAST结果可视化
28
案例1
使用BLAST从头注释人类新测序基因…
案例1BLAST
29
案例2
同源基因搜索与进化保守性分析
案例2同源基因搜索
30
课程总结
常见错误 · 注意事项与资源推荐
课程总结常见错误