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RNA-seq差异结果解读与应用指南

共计 30 章节
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01
RNA-seq技术原理与历史
RNA-seq技术原理与历史 · 核心概念 · 实践要点
RNA-seq技术原理
02
测序平台与数据格式
测序平台与数据格式 · 核心概念 · 实践要点
测序平台数据格式
03
实验设计与生物学重复
实验设计与生物学重复 · 核心概念 · 实践要点
实验设计生物学重复
04
数据质量控制（FastQC, MultiQC）
数据质量控制（FastQC · 核心概念 · 实践要点
FastQCMultiQC
05
接头去污与修剪（Trimmomatic, Cutadapt）
接头去污与修剪（Trimmomatic · 核心概念 · 实践要点
TrimmomaticCutadapt
06
比对工具（STAR, HISAT2, BWA）
比对工具（STAR · 核心概念 · 实践要点
STARHISAT2
07
比对后处理（samtools, 排序、索引）
比对后处理（samtools · 核心概念 · 实践要点
samtools比对后处理
08
基因表达定量（HTSeq-count, featureCounts, Salmo
基因表达定量（HTSeq-count · 核心概念 · 实践要点
HTSeq-countfeatureCount…
09
表达矩阵构建与标准化
表达矩阵构建与标准化 · 核心概念 · 实践要点
表达矩阵构建标准化
10
差异表达分析基础（DESeq2, edgeR, limma）
差异表达分析基础（DESeq2 · 核心概念 · 实践要点
DESeq2edgeR
11
DESeq2实战
输入数据与模型公式
DESeq2输入数据
12
edgeR实战
设计矩阵与对比
edgeR设计矩阵
13
limma-voom实战
limma-voom实战 · 核心概念 · 实践要点
limma-voomlimma-vo…
14
差异结果过滤与多重假设检验校正
差异结果过滤与多重假设检验校正 · 核心概念 · 实践要点
差异结果过滤多重假设检验校正
15
结果表格解读（log2FC, p-value, padj）
结果表格解读（log2FC · 核心概念 · 实践要点
log2FCp-value
16
火山图绘制（R ggplot2, Python matplotlib）
火山图绘制（R ggplot2 · 核心概念 · 实践要点
ggplot2Python
17
热图与聚类分析
热图与聚类分析 · 核心概念 · 实践要点
热图聚类分析
18
MA图与RLE图
MA图与RLE图 · 核心概念 · 实践要点
MARLE
19
GO功能富集分析（clusterProfiler, gProfiler）
GO功能富集分析（clusterProf… · 核心概念 · 实践要点
GOclusterProfi…
20
KEGG通路富集分析
KEGG通路富集分析 · 核心概念 · 实践要点
KEGG通路富集分析
21
GSEA基因集富集分析
GSEA基因集富集分析 · 核心概念 · 实践要点
GSEA基因集富集分析
22
转录因子富集分析
转录因子富集分析 · 核心概念 · 实践要点
转录因子富集分析重点
23
可变剪接差异分析（rMATS, SUPPA2）
可变剪接差异分析（rMATS · 核心概念 · 实践要点
rMATSSUPPA2
24
融合基因检测（STAR-Fusion, Arriba）
融合基因检测（STAR-Fusion · 核心概念 · 实践要点
STAR-FusionArriba
25
非编码RNA差异分析（miRNA, lncRNA）
非编码RNA差异分析（miRNA · 核心概念 · 实践要点
RNAmiRNA
26
单细胞RNA-seq差异分析简介（Seurat, Scanpy）
单细胞RNA-seq差异分析简介（Seu… · 核心概念 · 实践要点
RNA-seqSeurat
27
多组学整合（RNA-seq + ChIP-seq, WGBS）
多组学整合（RNA-seq + ChIP… · 核心概念 · 实践要点
RNA-seqChIP-seq
28
临床预后模型（Cox回归, LASSO）
临床预后模型（Cox回归, LASSO） · 核心概念 · 实践要点
CoxLASSO
29
生物标志物发现与验证
生物标志物发现与验证 · 核心概念 · 实践要点
生物标志物发现验证
30
结果报告与论文图表规范
结果报告与论文图表规范 · 核心概念 · 实践要点
结果报告论文图表规范