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DESeq2批次校正实战：从数据到差异结果

共计 30 章节
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01
课程导览
批次校正的重要性与DESeq2全流程…
课程导览DESeq2
02
批次效应概念
什么是批次效应？它从哪里来
批次效应概念什么是批次效应？…
03
批次效应识别
用PCA · 聚类图看批次问题
批次效应识别PCA
04
DESeq2简介
为什么选择DESeq2做批次校正
DESeq2简介
05
环境准备
安装R · RStudio及DESeq2依赖包
环境准备安装R
06
数据格式要求
counts矩阵 · 列数据（coldata）设计
数据格式要求counts
07
实战数据介绍
下载GEO/ArrayExpress…
实战数据介绍GEO/ArrayExp…
08
数据导入R
用read.table或tximpo…
数据导入Rread.table
09
构建DESeqDataSet
fromMatrix/htseqCo…
DESeqDataSet构建
10
设计公式与批次变量
tilde vs tilde bat…
设计公式批次变量
11
运行DESeq函数
核心差异分析一行搞定
DESeq运行
12
提取结果表
results()与lfcShrin…
提取结果表results
13
批次校正方法1
在design中包含batch变量（…
批次校正方法1design
14
批次校正方法2
通过limma
批次校正方法2limma
15
批次校正方法3
使用sva
批次校正方法3sva
16
校正效果评估1
PCA前/后对比图
校正效果评估1PCA
17
校正效果评估2
批次间距离箱线图
校正效果评估2批次间距离箱线图
18
校正效果评估3
RLE（相对对数表达）图
校正效果评估3RLE
19
差异结果过滤
padj · log2FC阈值设置
差异结果过滤padj
20
可视化
MA图 · 火山图 · 热图（pheatmap）
可视化MA
21
批量提取所有比较组合的差异基因。
批量提取所有比较组合的差异基因 · 核心概念 · 实践要点
批量提取所有比较…重点
22
多批次处理
当批次变量不止一个时的策略
多批次处理当批次变量不止一…
23
连续批次变量
像时间 · 地点等协变量处理
连续批次变量像时间
24
交互作用模型
批次×条件的差异分析
交互作用模型批次×条件的差异…
25
实战案例1
两个批次 + 两个条件（标准流程）
实战案例1两个批次
26
实战案例2
四个批次 + 多个条件（复杂场景）
实战案例2四个批次
27
结果导出与报告
CSV输出 · HTML报告（DT/DT包）
结果导出报告
28
下游富集分析简介
clusterProfiler做GO…
下游富集分析简介clusterProfi…
29
常见问题与避坑指南
自由度 · 奇异矩阵 · 小样本
常见问题避坑指南
30
课程总结与下一步学习路径。
课程总结与下一步学习路径 · 核心概念 · 实践要点
课程总结下一步学习路径