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时间序列RNA-seq差异表达分析实践

共计 30 章节

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RNA-seq技术基础 · 时间序列实验设计 · 课程目标与预备知识

课程介绍RNA-seq

生物学重复 · 时间点选择 · 采样策略

实验设计生物学重复

命令行操作 · 文件系统 · 常用命令（ls

Linux命令行操作

高通量测序数据处理流程

原始数据（FASTQ） · 质量控制（FastQC） · 修剪（Trimmomatic）

高通量测序数据处…FASTQ

比对工具选择（STAR · HISAT2） · 索引构建

序列比对STAR

表达量定量

基于基因的定量（featureCou… · HTSeq） · 注意事项

表达量定量featureCou

表达矩阵构建

整合样本表达量 · 基因注释 · 格式转换

表达矩阵构建整合样本表达量

安装R和RStudio · 数据结构 · 基本绘图

R语言基础RStudio

Bioconductor · CRAN · 安装常用包（DESeq2

R包管理Bioconductor

数据预处理

过滤低表达基因 · CPM/FPKM计算 · 转换（log2）

数据预处理过滤低表达基因

探索性数据分析

PCA · 聚类热图 · 样本相关性矩阵

探索性数据分析PCA

差异表达分析（静态）

DESeq2基本流程 · 模型公式 · 结果提取

差异表达分析静态

差异表达分析（静态）

edgeR基本流程 · QLF检验 · 结果解读

差异表达分析静态

时间序列分析概念

为何需要时间序列分析 · 时间序列与静态比较的区别

时间序列分析概念为何需要时间序列…

时间序列实验设计特化

重复测量 · 随机效应 · 固定效应

时间序列实验设计…重复测量

原理与安装 · 输入数据格式

impulseDE2实战

运行分析 · 提取差异时间模式基因

impulseDE2运行分析

原理 · 一步法与两步法 · 运行实战

聚类分析 · 时间趋势可视化 · GO富集

maSigPro聚类分析

基于负二项式模型 · 处理零膨胀 · 实战案例

时间序列差异表达比较

多个方法结果比较 · 一致性评估

时间序列差异表达…多个方法结果比较

基因表达动态模式聚类

时序聚类（k-means · hierarchical · 模糊聚类）

基因表达动态模式…k-means

功能富集分析

GO · KEGG · GSEA

功能富集分析GO

WGCNA应用于时间序列数据 · 模块-性状关联

网络分析WGCNA

差异表达可视化

时间折线图 · 热图 · 气泡图

差异表达可视化时间折线图

多个时间组之间的成对比较 · 交互效应

多组比较多个时间组之间的…

批次校正与数据整合

ComBat · limma removeBatchE… · Harmony应用于时间序列

批次校正数据整合

单细胞RNA-seq时间序列分析概述

与bulk RNA-seq区别 · 常用方法（Monocle · Slingshot）

RNA-seq单细胞

结果报告与可重复性

Markdown报告 · 参数记录 · 容器化

结果报告可重复性

从公开数据（如GEO/ArrayEx… · 全流程分析并撰写报告

实战项目GEO/ArrayEx